Οι υποτροφίες  που απονέμει το Πολυτεχνείο Κρήτης στους φοιτητές του Ιδρύματος περιλαμβάνουν για το ακαδημαϊκό έτος 2009-2010 α. Βραβεία Αριστείας β. Βραβεία Επίδοσης και γ. Υποτροφίες αποπεράτωσης σπουδών, με βάση την ακαδημαϊκή επίδοση και την οικογενειακή κατάσταση.

Απονέμονται 5 Βραβεία Αριστείας ανά Τμήμα (1 για κάθε έτος σπουδών) για το ακαδημαϊκό έτος 2009-2010, τα οποία περιλαμβάνουν έπαινο αριστείας και χρηματικό βραβείο 500 ευρώ στους φοιτητές που ικανοποιούν τα σχετικά ακαδημαϊκά κριτήρια που έχουν τεθεί από τη Σύγκλητο του Ιδρύματος.

Στους φοιτητές του Πολυτεχνείου Κρήτης απονέμονται κάθε ακαδ. έτος οι εξής Υποτροφίες:

• Δύο χρηματικές υποτροφίες (4.000€ εκάστη) ανά ακαδ. έτος, σε υλοποίηση του κληροδοτήματος «Ιωσήφ Παπαδόπετρου», κατόπιν δημοσίευσης της σχετικής  προκήρυξης στον τύπο, σε φοιτητές του Πολυτεχνείου Κρήτης Σφακιανής καταγωγής, σύμφωνα με τη βούληση του διαθέτη - που  η φοίτηση τους δεν έχει υπερβεί  τα πέντε έτη σπουδών και ικανοποιούν τα οικονομικά και κοινωνικά κριτήρια κατάταξης, τα οποία έχει θεσπίσει η Σύγκλητος του Ιδρύματος
• Μία χρηματική υποτροφία (705€) ανά ακαδ. έτος, σε υλοποίηση της διαθήκης «Μπακλατζή» για φοιτητή του Ιδρύματος που κατάγεται από τον πρώην δήμου Καμπανού επαρχίας Σελίνου Νομού Χανίων και ειδικότερα από τα χωριά Μονή, Σούγια, Κουστογέρακο και Ροδοβάνι.

Από το 2003-2004, ο Χανιώτης ιατρός Εμμανουήλ Μιχαηλάκης χορηγεί κάθε χρόνο 1 χρηματική υποτροφία στον πρώτο νεοεισαγόμενο φοιτητή και 4 ακόμα χρηματικές υποτροφίες στους αριστούχους φοιτητές του Τμήματος Μηχανικών Περιβάλλοντος που διακρίθηκαν κατά τη διάρκεια των σπουδών τους (αριστούχοι του 1ου, 2ου, 3ου και 4ου έτους).

Επίσης, απονέμει χρηματική υποτροφία ύψους 5 χιλιάδων ευρώ σε φοιτητή του προγράμματος μεταπτυχιακών σπουδών "Περιβαλλοντική και Υγειονομική Μηχανική" του Τμήματος Μηχανικών Περιβάλλοντος.

Η Παγκρητική Ένωση Αμερικής χορηγεί ανά διετία το βραβείο αυτό, το οποίο συνοδεύεται από χρηματικό ποσό 1500 δολαρίων Η.Π.Α., στον καλύτερο πρωτοετή φοιτητή, ο οποίος αποφοίτησε από Λύκειο του Ν. Λασιθίου, εισήχθη με το μεγαλύτερο αριθμό μορίων σε Τμήμα του Πολυτεχνείου Κρήτης, ενεγράφη στο Τμήμα και  συμμετείχε στις εξετάσεις του 1ου εξαμήνου.

Το Ίδρυμα Κρατικών Υποτροφιών (Ι.Κ.Υ.) χορηγεί υποτροφίες επίδοσης και βραβεία σε προπτυχιακούς και μεταπτυχιακούς φοιτητές κάθε ακαδημαϊκό έτος υπό  ορισμένες προϋποθέσεις.

Οι υποτροφίες αυτές χορηγούνται σε διακριθέντες πρωτοετείς φοιτητές, φοιτητές με υψηλές επιδόσεις στις σπουδές τους και σε μεταπτυχιακούς φοιτητές και συνίστανται σε χρηματικό ποσό.

Βραβεία δίνονται σε διακριθέντες πρωτοετείς φοιτητές, σε φοιτητές με υψηλές επιδόσεις στις σπουδές τους και σε αριστούχους αποφοίτους και συνίστανται σε γραπτό δίπλωμα και σε χορήγηση εφάπαξ χρηματικού ποσού για την αγορά επιστημονικών βιβλίων του γνωστικού αντικειμένου των σπουδών του φοιτητή.

Το Τ.Ε.Ε έχει θεσπίσει ειδικά χρηματικά βραβεία για τους φοιτητές των Πολυτεχνικών Τμημάτων, οι οποίοι πρωτεύουν σε κάθε ακαδ. έτος. Κριτήρια για την βράβευση είναι ο βαθμός προαγωγής ή αποφοίτησης για το αντίστοιχο ακαδ. έτος (των εξεταστικών περιόδων Φεβρουαρίου-Ιουνίου και Σεπτεμβρίου), ο οποίος δεν μπορεί να είναι μικρότερος του 7,5.Για τους τελειόφοιτους, ισχύει η προϋπόθεση της ολοκλήρωσης των σπουδών τους καθώς και της διπλωματικής τους εργασίας σε 5 ακαδ. έτη.