Στοιχεία διατριβής

Τίτλος 

Υπολογιστικές προσεγγίσεις για την ανακάλυψη και παραγωγή γνώσης από ετερογενείς πηγές: μεθοδολογία και εφαρμογή σε βάσεις βιολογικών και μοριακών δεδομένων.

Παρουσίαση διδακτορικής διατριβής 

Τριμελής Επιτροπή

Καθηγητής Βασίλειος Μουστάκης, Τμήμα Μηχανικών Παραγωγής και Διοίκησης, Πολυτεχνείο Κρήτης (επιβλέπων).

Καθηγητής Μιχαήλ Ζερβάκης, Τμήμα Ηλεκτρονικών Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών, Πολυτεχνείο Κρήτης.

Δρ. Γεώργιος Ποταμιάς, κύριος ερευνητής, Εργαστήριο Βιοιατρικής Πληροφορικής, Ίδρυμα Τεχνολογίας και Έρευνας.

Παραδοτέα έργου

Α) Ενισχυόμενο πρόγραμμα διδακτορικής έρευνας: 1

Β) Δημοσιεύσεις/ανακοινώσεις/μονογραφίες που αναμένονται να προκύψουν από την διδακτορική έρευνα: 4

Περιγραφή

Πακέτο εργασίας 1: Επιστημονικό άρθρο επισκόπησης (review paper) το οποίο θα δημοσιευθεί σε σχετικό συνέδριο ή επιστημονικό περιοδικό.

Πακέτο εργασίας 2: Επιστημονικό άρθρο (paper) σχετικό με τη μεθοδολογία και ανάπτυξη αλγορίθμων το οποίο θα δημοσιευθεί σε καταξιωμένο συνέδριο διεθνών αναγνωρισμένων οργανισμών.

Πακέτο εργασίας 3: Επιστημονικό άρθρο (paper) το οποίο θα δημοσιευθεί σε καταξιωμένο συνέδριο ή σε σχετικό επιστημονικό περιοδικό.

Πακέτο εργασίας 4: Επιστημονικό άρθρο (paper) με αξιολόγιση αποτελεσμάτων και πειράματα, το οποίο θα δημοσιευθεί σε καταξιωμένο συνέδριο ή σε σχετικό επιστημονικό περιοδικό.

Πακέτο εργασίας 5: Συγγραφή διατριβής.

Πακέτο εργασίας 6: Η διδακτορική διατριβή εγκεκριμένη από το Πολυτεχνείο Κρήτης. 

Άλλα στοιχεία

Εγκεκριμένος προϋπολογισμός: 45.000 €

Διάρκεια διδακτορικής έρευνας: 36 μήνες 

Έναρξη διδακτορικής έρευνας: 01-03-2011 

Εκτιμώμενη λήξη διδακτορικής έρευνας: 28-02-2014 

Παράταση λήξης διδακτορικής διατριβής:

Παρουσίαση διδακτορικής διατριβής: 22-09-2014

Επικοινωνία 

Τηλέφωνο: 2810 322983

Ηλεκτρονική διεύθυνση: koumakis<στο>gmail.com

Διδακτορική Διατριβή

Lefteris Koumakis, George Potamias, Manolis Tsiknakis, Michalis Zervakis, and Vassilis Moustakis. Integrating Microarray Data and GRNs. Accepted. In press: (P H Guzzi) Methods in Molecular Biology (2014). Springer Protocols
Διαβάστε περισσότερα
Koumakis L., & Potamias G. (2014). MinePath: Blending Molecular Pathways & Gene Expression Profiles.. Metabolic and Protein Network analysis in Systems Biology (MET-GR III), September 18-20, 2014 in Patras, Greece.
Διαβάστε περισσότερα
Koumakis, L., Potamias, G., Sfakianakis, S., Moustakis, V., Zervakis, M., Graf, N., Tsiknakis M. (2014). “miRNA based pathway analysis tool in nephroblastoma as a proof of principle for other cancer domains”, 14th IEEE International Conference on…
Διαβάστε περισσότερα
Θέμα διδακτορικής διατριβής: “Υπολογιστικές Προσεγγίσεις για την Ανακάλυψη και Παραγωγή Γνώσης από Ετερογενείς Πηγές: Μεθοδολογία και Εφαρμογή σε βάσεις Βιολογικών και Μοριακών Δεδομένων”. Παρουσίαση: 22 Σεπτεμβρίου 2014, 10:30 πμ, Αίθουσα…
Διαβάστε περισσότερα
1 ανακοίνωση σε πανελλήνιο συνέδριο  Kalantzaki, K., L. Koumakis, E. S. Bei, M. Zervakis, G. Potamias, And D. Kafetzopoulos (2013). Experimental model Construction and validation of the ErbB signaling pathway. In Bioinformatics and Bioengineering…
Διαβάστε περισσότερα
Έρευνα σε εξέλιξη.
Διαβάστε περισσότερα
Kalantzaki, K., L. Koumakis, E. S. Bei, M. Zervakis, G. Potamias, and D. Kafetzopoulos (2013). Experimental model construction and validation of the ErbB signaling pathway. In Bioinformatics and Bioengineering (BIBE 2013), IEEE 13th International…
Διαβάστε περισσότερα
Έρευνα σε εξέλιξη.
Διαβάστε περισσότερα
1 ανακοίνωση σε πανελλήνιο συνέδριο Koumakis, L., Moustakis, V., Zervakis, M., Kafetzopoulos, D.,  Potamias, G. (2012). “Coupling Regulatory Networks and Microarays: Revealing Molecular Regulation of Breast Cancer Treatment Responses”. 7th Hellenic…
Διαβάστε περισσότερα
1 ανακοίνωση σε διεθνές συνέδριο Koumakis, L., Potamias, G., Zervakis, M., Moustakis, V. (2011). "Integrating microarray data and gene regulatory networks: Survey and critical considerations." 10th International Workshop on Biomedical Engineering.…
Διαβάστε περισσότερα
Koumakis, L., Moustakis, V., Zervakis, M., Kafetzopoulos, D., Potamias, G. (2012). “Coupling Regulatory Networks and Microarays: Revealing Molecular Regulation of Breast Cancer Treatment Responses”. 7th Hellenic Conference on Artificial Intelligence,…
Διαβάστε περισσότερα
Koumakis, L., Potamias, G., Zervakis, M., Moustakis, V. (2011). "Integrating microarray data and gene regulatory networks: Survey and critical considerations." 10th International Workshop on Biomedical Engineering. 5-7 October 2011, Kos, Greece.
Διαβάστε περισσότερα

Δημοσιεύσεις

Lefteris Koumakis, George Potamias, Manolis Tsiknakis, Michalis Zervakis, and Vassilis Moustakis. Integrating Microarray Data and GRNs. Accepted. In press: (P H Guzzi) Methods in Molecular Biology (2014). Springer Protocols
Διαβάστε περισσότερα
Koumakis L., & Potamias G. (2014). MinePath: Blending Molecular Pathways & Gene Expression Profiles.. Metabolic and Protein Network analysis in Systems Biology (MET-GR III), September 18-20, 2014 in Patras, Greece.
Διαβάστε περισσότερα
Koumakis, L., Potamias, G., Sfakianakis, S., Moustakis, V., Zervakis, M., Graf, N., Tsiknakis M. (2014). “miRNA based pathway analysis tool in nephroblastoma as a proof of principle for other cancer domains”, 14th IEEE International Conference on…
Διαβάστε περισσότερα
Θέμα διδακτορικής διατριβής: “Υπολογιστικές Προσεγγίσεις για την Ανακάλυψη και Παραγωγή Γνώσης από Ετερογενείς Πηγές: Μεθοδολογία και Εφαρμογή σε βάσεις Βιολογικών και Μοριακών Δεδομένων”. Παρουσίαση: 22 Σεπτεμβρίου 2014, 10:30 πμ, Αίθουσα…
Διαβάστε περισσότερα
1 ανακοίνωση σε πανελλήνιο συνέδριο  Kalantzaki, K., L. Koumakis, E. S. Bei, M. Zervakis, G. Potamias, And D. Kafetzopoulos (2013). Experimental model Construction and validation of the ErbB signaling pathway. In Bioinformatics and Bioengineering…
Διαβάστε περισσότερα
Έρευνα σε εξέλιξη.
Διαβάστε περισσότερα
Kalantzaki, K., L. Koumakis, E. S. Bei, M. Zervakis, G. Potamias, and D. Kafetzopoulos (2013). Experimental model construction and validation of the ErbB signaling pathway. In Bioinformatics and Bioengineering (BIBE 2013), IEEE 13th International…
Διαβάστε περισσότερα
Έρευνα σε εξέλιξη.
Διαβάστε περισσότερα
1 ανακοίνωση σε πανελλήνιο συνέδριο Koumakis, L., Moustakis, V., Zervakis, M., Kafetzopoulos, D.,  Potamias, G. (2012). “Coupling Regulatory Networks and Microarays: Revealing Molecular Regulation of Breast Cancer Treatment Responses”. 7th Hellenic…
Διαβάστε περισσότερα
1 ανακοίνωση σε διεθνές συνέδριο Koumakis, L., Potamias, G., Zervakis, M., Moustakis, V. (2011). "Integrating microarray data and gene regulatory networks: Survey and critical considerations." 10th International Workshop on Biomedical Engineering.…
Διαβάστε περισσότερα
Koumakis, L., Moustakis, V., Zervakis, M., Kafetzopoulos, D., Potamias, G. (2012). “Coupling Regulatory Networks and Microarays: Revealing Molecular Regulation of Breast Cancer Treatment Responses”. 7th Hellenic Conference on Artificial Intelligence,…
Διαβάστε περισσότερα
Koumakis, L., Potamias, G., Zervakis, M., Moustakis, V. (2011). "Integrating microarray data and gene regulatory networks: Survey and critical considerations." 10th International Workshop on Biomedical Engineering. 5-7 October 2011, Kos, Greece.
Διαβάστε περισσότερα

Συνέδρια

Lefteris Koumakis, George Potamias, Manolis Tsiknakis, Michalis Zervakis, and Vassilis Moustakis. Integrating Microarray Data and GRNs. Accepted. In press: (P H Guzzi) Methods in Molecular Biology (2014). Springer Protocols
Διαβάστε περισσότερα
Koumakis L., & Potamias G. (2014). MinePath: Blending Molecular Pathways & Gene Expression Profiles.. Metabolic and Protein Network analysis in Systems Biology (MET-GR III), September 18-20, 2014 in Patras, Greece.
Διαβάστε περισσότερα
Koumakis, L., Potamias, G., Sfakianakis, S., Moustakis, V., Zervakis, M., Graf, N., Tsiknakis M. (2014). “miRNA based pathway analysis tool in nephroblastoma as a proof of principle for other cancer domains”, 14th IEEE International Conference on…
Διαβάστε περισσότερα
Θέμα διδακτορικής διατριβής: “Υπολογιστικές Προσεγγίσεις για την Ανακάλυψη και Παραγωγή Γνώσης από Ετερογενείς Πηγές: Μεθοδολογία και Εφαρμογή σε βάσεις Βιολογικών και Μοριακών Δεδομένων”. Παρουσίαση: 22 Σεπτεμβρίου 2014, 10:30 πμ, Αίθουσα…
Διαβάστε περισσότερα
1 ανακοίνωση σε πανελλήνιο συνέδριο  Kalantzaki, K., L. Koumakis, E. S. Bei, M. Zervakis, G. Potamias, And D. Kafetzopoulos (2013). Experimental model Construction and validation of the ErbB signaling pathway. In Bioinformatics and Bioengineering…
Διαβάστε περισσότερα
Έρευνα σε εξέλιξη.
Διαβάστε περισσότερα
Kalantzaki, K., L. Koumakis, E. S. Bei, M. Zervakis, G. Potamias, and D. Kafetzopoulos (2013). Experimental model construction and validation of the ErbB signaling pathway. In Bioinformatics and Bioengineering (BIBE 2013), IEEE 13th International…
Διαβάστε περισσότερα
Έρευνα σε εξέλιξη.
Διαβάστε περισσότερα
1 ανακοίνωση σε πανελλήνιο συνέδριο Koumakis, L., Moustakis, V., Zervakis, M., Kafetzopoulos, D.,  Potamias, G. (2012). “Coupling Regulatory Networks and Microarays: Revealing Molecular Regulation of Breast Cancer Treatment Responses”. 7th Hellenic…
Διαβάστε περισσότερα
1 ανακοίνωση σε διεθνές συνέδριο Koumakis, L., Potamias, G., Zervakis, M., Moustakis, V. (2011). "Integrating microarray data and gene regulatory networks: Survey and critical considerations." 10th International Workshop on Biomedical Engineering.…
Διαβάστε περισσότερα
Koumakis, L., Moustakis, V., Zervakis, M., Kafetzopoulos, D., Potamias, G. (2012). “Coupling Regulatory Networks and Microarays: Revealing Molecular Regulation of Breast Cancer Treatment Responses”. 7th Hellenic Conference on Artificial Intelligence,…
Διαβάστε περισσότερα
Koumakis, L., Potamias, G., Zervakis, M., Moustakis, V. (2011). "Integrating microarray data and gene regulatory networks: Survey and critical considerations." 10th International Workshop on Biomedical Engineering. 5-7 October 2011, Kos, Greece.
Διαβάστε περισσότερα

Όλα τα Νέα του Υποψήφιου

Lefteris Koumakis, George Potamias, Manolis Tsiknakis, Michalis Zervakis, and Vassilis Moustakis. Integrating Microarray Data and GRNs. Accepted. In press: (P H Guzzi) Methods in Molecular Biology (2014). Springer Protocols
Διαβάστε περισσότερα
Koumakis L., & Potamias G. (2014). MinePath: Blending Molecular Pathways & Gene Expression Profiles.. Metabolic and Protein Network analysis in Systems Biology (MET-GR III), September 18-20, 2014 in Patras, Greece.
Διαβάστε περισσότερα
Koumakis, L., Potamias, G., Sfakianakis, S., Moustakis, V., Zervakis, M., Graf, N., Tsiknakis M. (2014). “miRNA based pathway analysis tool in nephroblastoma as a proof of principle for other cancer domains”, 14th IEEE International Conference on…
Διαβάστε περισσότερα
Θέμα διδακτορικής διατριβής: “Υπολογιστικές Προσεγγίσεις για την Ανακάλυψη και Παραγωγή Γνώσης από Ετερογενείς Πηγές: Μεθοδολογία και Εφαρμογή σε βάσεις Βιολογικών και Μοριακών Δεδομένων”. Παρουσίαση: 22 Σεπτεμβρίου 2014, 10:30 πμ, Αίθουσα…
Διαβάστε περισσότερα
1 ανακοίνωση σε πανελλήνιο συνέδριο  Kalantzaki, K., L. Koumakis, E. S. Bei, M. Zervakis, G. Potamias, And D. Kafetzopoulos (2013). Experimental model Construction and validation of the ErbB signaling pathway. In Bioinformatics and Bioengineering…
Διαβάστε περισσότερα
Έρευνα σε εξέλιξη.
Διαβάστε περισσότερα
Kalantzaki, K., L. Koumakis, E. S. Bei, M. Zervakis, G. Potamias, and D. Kafetzopoulos (2013). Experimental model construction and validation of the ErbB signaling pathway. In Bioinformatics and Bioengineering (BIBE 2013), IEEE 13th International…
Διαβάστε περισσότερα
Έρευνα σε εξέλιξη.
Διαβάστε περισσότερα
1 ανακοίνωση σε πανελλήνιο συνέδριο Koumakis, L., Moustakis, V., Zervakis, M., Kafetzopoulos, D.,  Potamias, G. (2012). “Coupling Regulatory Networks and Microarays: Revealing Molecular Regulation of Breast Cancer Treatment Responses”. 7th Hellenic…
Διαβάστε περισσότερα
1 ανακοίνωση σε διεθνές συνέδριο Koumakis, L., Potamias, G., Zervakis, M., Moustakis, V. (2011). "Integrating microarray data and gene regulatory networks: Survey and critical considerations." 10th International Workshop on Biomedical Engineering.…
Διαβάστε περισσότερα
Koumakis, L., Moustakis, V., Zervakis, M., Kafetzopoulos, D., Potamias, G. (2012). “Coupling Regulatory Networks and Microarays: Revealing Molecular Regulation of Breast Cancer Treatment Responses”. 7th Hellenic Conference on Artificial Intelligence,…
Διαβάστε περισσότερα
Koumakis, L., Potamias, G., Zervakis, M., Moustakis, V. (2011). "Integrating microarray data and gene regulatory networks: Survey and critical considerations." 10th International Workshop on Biomedical Engineering. 5-7 October 2011, Kos, Greece.
Διαβάστε περισσότερα