Στο Πολυτεχνείο Κρήτης λειτουργούν πέντε μονοτμηματικές ακαδημαϊκές σχολές μηχανικών με πρωτοποριακές ειδικότητες. Όλες οι σχολές έχουν οργανωμένες μεταπτυχιακές σπουδές.
Κατά σειρά έναρξης λειτουργίας τους έχουν ως εξής:
Η Σχολή Ηλεκτρονικών Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών μετονομάστηκε σε Σχολή Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών τον Ιούλιο 2016.