Ο Ειδικός Λογαριασμός Κονδυλίων Έρευνας (Ε.Λ.Κ.Ε.) του Πολυτεχνείου Κρήτης άρχισε τη λειτουργία του το 1987.
Αποστολή του είναι η ενθάρρυνση της διάκρισης του ερευνητικού δυναμικού του Ιδρύματος σε όλα τα πεδία, η επιβράβευση των υψηλών ατομικών επιδόσεων όλων των μελών της πολυτεχνικής κοινότητας, η ενδυνάμωση της κρίσιμης μάζας του επιστημονικού προσωπικού και η συνεισφορά στη δημιουργία ευνοϊκού περιβάλλοντος για καινοτομία.
Σκοπός του είναι η διάθεση και η διαχείριση κονδυλίων που προέρχονται από διάφορες πηγές και προορίζονται για τις ανάγκες
α. ερευνητικών, εκπαιδευτικών, επιμορφωτικών και αναπτυξιακών έργων,
β. έργων συνεχιζόμενης κατάρτισης,
γ. έργων παροχής επιστημονικών και τεχνολογικών υπηρεσιών, εκπόνησης ειδικών μελετών, εκτέλεσης μετρήσεων εργαστηριακών εξετάσεων και αναλύσεων, παροχής γνωμοδοτήσεων και
δ. δραστηριοτήτων που συμβάλλουν στη σύνδεση της εκπαίδευσης και έρευνας με την παραγωγή.