Η συλλογή των εργαστηριακών επικίνδυνων αποβλήτων του Πολυτεχνείου Κρήτης πραγματοποιείται περιοδικά από εξειδικευμένη εταιρία, με την οποία έχει υπογραφεί σύμβαση. Ενδεικτικά, από μία μόνο χρονιά συλλέχθηκαν συνολικά 1231Kg αποβλήτων, τα οποία προωθήθηκαν για καταστροφή-ανακύκλωση.
Η ανάδοχος εταιρεία αφήνει περίπου 70 δοχεία, 25 λίτρων, συλλογής υδατικών διαλυμάτων, τα οποία μοιράζονται σε όσα εργαστήρια χρειάζεται για την κάλυψη των αναγκών τους. Υπάρχει επίσης ένα απόθεμα 10 δοχείων για την κάλυψη έκτακτων αναγκών των εργαστηρίων.
Έχει γίνει σχετική ανακοίνωση, ώστε οι ενδιαφερόμενοι να επικοινωνούν με τον Τεχνικό Ασφάλειας του Ιδρύματος για την προμήθεια τέτοιων δοχείων.