Το Πολυτεχνείο Κρήτης διατηρεί συνεργασία με πανεπιστήμια, ιδρύματα και άλλους οργανισμούς του εξωτερικού και εσωτερικού, γεγονός που αποδεικνύεται από την υπογραφή διμερών συμφωνιών συνεργασίας σε ακαδημαϊκό και ερευνητικό επίπεδο. Τα ενεργά πρωτόκολλα συνεργασίας με πανεπιστήμια και άλλους οργανισμούς, φαίνονται παρακάτω.
Το αρχείο των συμφωνιών τηρείται από το Τμήμα Δημοσίων και Διεθνών Σχέσεων.
Αυστρία: Montanuniversitaet Leoben
Βέλγιο: Hasselt University
Βουλγαρία: Bulgarian Antarctic Institute
Γαλλία: ΑΧΑ
Γαλλία: CNES-IGN
Γαλλία: Sorbonne Universite
Γαλλία: Université de Lorraine
Γερμανία: Mittweida University of Applied Sciences
Γερμανία: Technische Universität Bergakademie Freiberg
ΗΠΑ: Purdue University
ΗΠΑ: University of South Alabama
ΗΠΑ: University of Southern California
Ινδονησία: Universitas Sebelas Maret
Ισπανία: Real Academia de Ciencias Economicas y fanancieras
Ισπανία: Universidad de León
Ισραήλ: Ben Gurion University
Καζακστάν: Dulaty University
Καζακστάν: Mukhtar Auezov South Kazakhstan University
Κίνα: Anhui University of Sciene & Technology
Κίνα: Beijing University of Chemical Technology
Κίνα: Beijing Yinggeli Educational Technology Co. (YGL)
Κίνα: Center for Language Education and Cooperation of China
Κίνα: Guilin University of Technology
Κίνα: National Satellite Ocean Application Service
Κίνα: QING YANG Institute for Industrial Minerals (QYIM) Institute China
Κίνα: Shandong Jiaotong University
Κίνα: Shanghai Maritime University
Κίνα: The First Institute of Oceanography (Qingdao)
Μπαχρέιν: University of Bahrain
Ουζμπεκιστάν: Fergana State University
Ουζμπεκιστάν: Jizzakh Polytechnic institute
Πολωνία: AGH University of Science and Technology
Πολωνία: RzcSΖόw University of Technology
Πολωνία: Silesian University of Technology
Πολωνία: University of Life Sciences in Lublin
Ρουμανία: University of Petrosani
Σερβία: University of Kragujevac
Χιλή: Universidad Catolica Del Norte – Chile
Ελλάδα
Υπουργείο Παιδείας, Θρησκευμάτων και Αθλητισμού
Ελληνικό Μεσογειακό Πανεπιστήμιο
Πανεπιστήμιο Δυτικής Μακεδονίας
Δημοκρίτειο Πανεπιστήμιο Θράκης
Διεθνές Πανεπιστήμιο της Ελλάδας
Ελληνικός Σύλλογος για το Σύνδρομο Asperger (Ελ.σ.σ.Α.)
Γενικό Νοσοκομείο Χανίων “Ο Άγιος Γεώργιος”
Επιπλέον, το Πολυτεχνείο Κρήτης συμμετέχει, ως ιδρυτικό μέλος από το 2020, στο Ευρωπαϊκό Πανεπιστήμιο για την Υπεύθυνη Κατανάλωση και Παραγωγή - EURECA-PRO (European University on Responsible Consumption and Production - EURECA-PRO). Με βασική εστίαση στη «Βιώσιμη Κατανάλωση και Παραγωγή», το EURECA-PRO είναι αφιερωμένο στον 12ο Στόχο Βιώσιμης Ανάπτυξης (SDG12) από τους 17 Στόχους Βιώσιμης Ανάπτυξης των Ηνωμένων Εθνών.
Η πανεπιστημιακή συμμαχία EURECA-PRO βρίσκεται στη δεύτερη φάση λειτουργίας της (2023 - 2027) και περιλαμβάνει τα εξής Πανεπιστήμια της Ευρώπης:
Αυστρία: Montanuniversität Leoben
Γερμανία: Technische Universität Bergakademie Freiberg
Γερμανία: University of Applied Sciences Mittweida
Πολωνία: Silesian University of Technology
Βέλγιο: Hasselt University
Γαλλία: Université de Lorraine
Ισπανία: Universidad de León
Ρουμανία: University of Petrosani
Ελλάδα: Πολυτεχνείο Κρήτης